Správa Národního parku Podyjí se sídlem ve Znojmě byla zřízena 1. 7. 1991 Ministerstvem životního prostředí ČR. Základním úkolem této organizace je zajišťování ochrany přírody a krajiny na území Národního parku Podyjí a jeho ochranného pásma.
Správa NP Podyjí plní tři hlavní okruhy činností:
Výkon státní správy na úsecích ochrany přírody a krajiny, ochrany zemědělského půdního fondu a rybářství; Odborné aktivity spojené s ochranou přírody, zejména koordinaci výzkumu a monitoringu, tvorbu plánů ochranářského managementu, informační, strážnía průvodcovskou službu, ekologickou výchovu a propagaci, apod.; Výkon práva hospodaření formou účelového hospodaření v lesích a na vybraných nelesních plochách, včetně výkonu práva myslivosti.
